Em NARUTO: Ultimate Ninja Heroes 2: The Phantom Fortress, os jogadores participam de um grupo personalizado de quatro personagens NARUTO em mais de 100 andares do castelo, enfrentando ferozes batalhas um contra um, minigames emocionantes e reviravoltas dramáticas na história jogo de sobrevivência. Ao longo do caminho, os jogadores serão capazes de capacitar cada membro do grupo em um novo sistema de personalização de personagens, equipando habilidades e itens para ganhar uma vantagem decisiva na batalha. Atualizando o sistema de combate em ritmo acelerado da série, os jogadores serão capazes de realizar ataques voadores acrobáticos, ataques combinados chamativos e habilidades de jutsu imparáveis com facilidade.